بر اساس گزارش‌های منتشر شده توسط بسیاری از کاربرانی که از همین حالا آیپد پرو 2018 را خریداری کرده‌اند، اغلب اپلیکیشن‌های ارائه شده در اپ استور با این دستگاه ناسازگار هستند.
بر همین اساس بسیاری از اپلیکیشن‌ها به همراه یک نوار سیاه رنگ در قسمت بالایی اجرا می‌شوند و هنوز با آیپد پرو 2018 سازگار نشده‌اند. این مسئله به طور مشخص به نسبت ابعادی غیرمعمول و طراحی تمام صفحه و بدون حاشیه نمایشگر آیپد جدید مربوط می‌شود و بسیاری از توسعه دهندگان اپلیکیشن‌ها هنوز اقدام به تغییر و سازگاری اپلیکیشن خود با این محصول نکرده‌اند.
تا پیش از این و مشخصاً در سال 2017 اپل پیش از عرضه آیفون X به بازار اقدام به ارائه دستورالعملی برای توسعه دهندگان کرده بود که بر اساس َآن صفحات وب و اپلیکیشن‌های ارائه شده در اپ استور می‌توانستند با استفاده از آن برای آیفون X بهینه شوند. اپل همچنین ضرب العجلی مشخص برای بهینه سازی و سازگاری اپلیکیشن‌ها برای آیفون‌های جدید و برای توسعه دهندگان اپلیکیشن‌ها مشخص کرده بود و طی آن اعلام کرده بود که در صورت عدم همکاری توسعه دهندگان، اپلیکیشن‌های یاد شده از اپ استور حذف خواهند شد.
این در حالی است که اپل با عرضه آیپد پروی جدید هنوز هیچ دستورالعمل مشخصی را برای توسعه دهندگان به منظور بهینه سازی اپلیکیشن‌ها ارائه نداده است و توسعه دهندگان هنوز برای توسعه و سازگار کردن اپلیکیشن‌های خود با آیپد پرو 2018 سردرگم هستند.
در این میان، برخی از توسعه دهندگان نظیر توسعه دهندگان اپلیکیشن نتفلیکس در همین مدت کوتاه اقدام به عرضه نسخه بهینه سازی شده نرم افزارهای خود برای آیپد پرو 2018 کرده‌اند با این حال هنوز بسیاری از اپلیکیشن‌ها با این محصول سازگار نیستند که این مسئله باعث می‌شود تا تجربه کاربری آیپد پرو 2018 برای کاربران به طرز قابل توجه مختل شود.
اپلیکیشن مولتینا اِستور